TwitterのTLで流れていた情報を参考にして、iPadにCloudReadersというソフトをインストールしました。PDF viewer兼Comic Viewerのような感じで、PDF以外にZIPで固めた画像ファイルも見ることができます。
いやぁ、いいですよこれ。表示が速いのもありがたいですが、横向きにすると見開きで表示できるのがすばらしい。iPadの画面サイズのおかげで、見開きにしても文庫本程度のサイズが確保されるのでかなり見やすいです。またページ送りの向きも左右変更できるのでiBooksのような気持ち悪さがないです(iBooksは英語圏専用なので、右開きしか考慮されていません。そのため、一般的な文庫本のような左開きの本を見ると、すごく違和感があります)。
残念ながら、現状ではWiFiもしくはUSB経由でしかファイルの転送が出来ませんので、この点はGoodReaderの方が数段優れています(GoodReaderのFTPでローカルサーバを参照できる仕組みは、いちいち全部の本をiPadに入れておく必要がないのですごい便利)。ただ、この辺はGoodReaderが登場した頃も同じようなものだったので、今後の進化を期待したいです。
また、クラウド本棚という青空文庫等の著作権の切れた本をPDF化したものを直接ダウンロードできる仕組みも備えており、PDF化の協力者を募集中とのことです。