NARi半額処分さんでWM5のテーマ作成の際に色が異なってしまうという話が載っていました。
で、調べてみると、WM5はTodayの一部分だけHSV色相系で指定するようになったみたい(明度は決め打ちっぽいけど)。なもんで、そのままでは純粋な黒が指定できない。ついでに上下のバーのグラデーションも変えられない。
で、更に調べたら、海外のどっかの掲示板で解決方法が載ってました。
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Today\テーマ名.tsk] "Color_SoftkeyFlatCenter"=hex:00,00,00,00 "Color_TitleFlatCenter"=hex:00,00,00,00
なんて内容をレジストリに書くとフラットな色になります(上記は黒)。